數據非依賴(lài)性的掃描模式（Date-independent acquisition,DIA）是近幾年發(fā)展的一種新的質(zhì)譜數據采集方式。在肽段進(jìn)入質(zhì)譜進(jìn)行第一次m/z掃描后，所有選定m/z范圍內的母離子全部碎裂，然后在串聯(lián)質(zhì)譜中進(jìn)行子離子的第二次m/z掃描。根據第一次m/z掃描得到母離子的峰強度信息，只選擇幾個(gè)信號強度最高的母離子進(jìn)行碎裂，選擇性的采集會(huì )帶來(lái)檢測的隨機性和不完整性。DIA相較于DDA技術(shù)定量的特異性高，定量精度更高，更好的重現性；更適合于大樣本量定量蛋白質(zhì)組。

技術(shù)優(yōu)勢

(1)更符合樣本真實(shí)蛋白表達結果：更全面和權威的數據庫和軟件，同一樣本能鑒定到更多的蛋白質(zhì)種類(lèi)；

(2)更專(zhuān)業(yè)的生信團隊，具有多年的蛋白組學(xué)分析經(jīng)驗，能提供各種個(gè)性化的高級分析。

技術(shù)流程

信息分析

生信分析總流程

標準信息分析
（1）數據質(zhì)控

主成分分析

譜圖信息

蛋白質(zhì)定量

（2）定性

蛋白GO/Pathway注釋分析

蛋白KOG/COG注釋分析

蛋白亞細胞定位

TF預測

（3）定量

相關(guān)性分析

強度箱線(xiàn)圖分析

（4）差異及富集分析

差異蛋白KOG/COG富集分析

差異蛋白GO/Pathway富集分析

分析結果示例

蛋白強度密度箱線(xiàn)圖

蛋白強度轉換熱圖              

PCA圖

蛋白亞細胞定位統計圖

差異蛋白熱圖

差異蛋白火山圖     

pathway分類(lèi)條形圖

GO功能分類(lèi)條形圖

差異蛋白參與代謝通路圖

案例分析

案例（1）HSCC化療多藥耐藥分子標記:高通量液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜蛋白質(zhì)組學(xué)篩選

本研究采用液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜LC-MS對50例下咽鱗狀細胞癌（HSCC）臨床樣本進(jìn)行DIA蛋白組學(xué)篩選，并在HSCC樣本中共鑒定出673個(gè)差異表達蛋白，其中172個(gè)上調，501個(gè)下調。臨床 HSCC 樣本的 FADD 表達顯著(zhù)升高，RIPK1 表達顯著(zhù)降低?；熋舾薪MFADD和RIPK1蛋白的表達明顯降低。揭示出FADD 和 RIPK1 可作為 HSCC 患者化療 MDR 的分子標志物，可能通過(guò)壞死性凋亡和 PRR 信號通路發(fā)揮作用。

圖1 差異蛋白熱圖 

圖2 差異蛋白富集分析柱狀圖

圖3 差異蛋白PPI圖

案例（2）ACOX2作為肝細胞癌的預后標志物，可通過(guò)PPARα通路阻礙肝細胞癌的進(jìn)展

本研究通過(guò)對24對人類(lèi)肝癌和癌旁組織進(jìn)行DIA蛋白組學(xué)篩選，探索ACOX2在肝癌中的作用機制。結果顯示，1029種蛋白質(zhì)具有顯著(zhù)差異，且將這些顯著(zhù)差異蛋白質(zhì)與癌癥基因圖譜中差異表達基因進(jìn)行比較、在蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用進(jìn)行分析，發(fā)現ACOX2作為關(guān)鍵候選基因，其過(guò)表達并通過(guò)PPARα通路減少了肝癌在體外和體內的增殖和轉移阻礙肝癌的發(fā)展。 

圖4 A:肝細胞癌和配對的相鄰正常樣本中蛋白質(zhì)表達的OPLS-DA 分析;B：顯著(zhù)表達差異蛋白火山圖；C：差異表達蛋白聚類(lèi)熱圖

[1] Shen B, Dong X, Yuan B, et al. Molecular Markers of MDR of Chemotherapy for HSCC: Proteomic Screening With High-Throughput Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry[J]. Frontiers in Oncology, 2021, 11:687320.

[2] Zhang Q, Zhang Y, Sun S, et al. ACOX2 is a prognostic marker and impedes the progression of hepatocellular carcinoma via PPARα pathway[J]. Cell Death & Diseas