技術(shù)介紹

       m6A是轉錄后調控中重要的表觀(guān)遺傳修飾方式，該甲基化過(guò)程通過(guò)Writers（m6A甲基轉移酶）、Erasers（去甲基化酶）和Readers（識別甲基化酶）的調控作用在腺嘌呤A的第6位氮原子上，具有影響基因表達、RNA剪接、RNA穩定和蛋白翻譯等功能。

       meRIP-Seq是目前分析m6A修飾分布的最常用測序技術(shù)，該方法將抗體依賴(lài)性m6A修飾區域富集與高通量測序相結合，可以高效地在全轉錄組范圍內檢測m6A的存在。

應用方向

1.構建全轉錄組m6A修飾圖譜；
2.識別m6A修飾富集區域及其關(guān)聯(lián)基因；
3.分析m6A修飾差異區域及其關(guān)聯(lián)基因；
4.與轉錄組、翻譯組、蛋白組等組學(xué)數據關(guān)聯(lián)分析，挖掘m6A影響基因功能的具體機制。

技術(shù)優(yōu)勢
1.樣品起始量低：
       Total RNA起始量低至20μg。
2.全轉錄組信息覆蓋：
       獲得全轉錄組范圍m6A修飾富集區域及其關(guān)聯(lián)基因信息。
3.先進(jìn)的測序平臺：
       采用DNBSEQ技術(shù)測序平臺，結果更可靠。
4.一站式服務(wù)：
       提供樣品處理、建庫、測序和分析的全套服務(wù)，更可以提供多組學(xué)聯(lián)合分析。

技術(shù)流程

樣本來(lái)源：人、大鼠和小鼠（其他樣本類(lèi)型請咨詢(xún)）。
1.新鮮或凍存組織樣本≥10mg；
2.新鮮或凍存細胞系樣本≥107cell；
3.RNA總量≥20μg，濃度≥200ng/μL。

實(shí)測數據

經(jīng)典案例

       本文利用m6A-meRIP-seq技術(shù)獲得了21個(gè)胎兒組織m6A分布圖譜，確定了m6A的組織間差異以及這種差異對組織特異性基因功能的影響，證明m6A與組織內關(guān)鍵基因穩定性正相關(guān)；

       除了mRNA，本文還詳細報道了lincRNA中m6A分布特點(diǎn)，發(fā)現增強子lincRNA富含m6A修飾；組織上m6A修飾區域通常富含與常見(jiàn)疾病數量性狀和復雜性狀表達相關(guān)的SNP，這可能會(huì )影響m6A修飾；最后，發(fā)現m6A修飾優(yōu)先占據富含CpG啟動(dòng)子的基因?？傊?，本研究揭示了m6A過(guò)程受到遺傳變異和啟動(dòng)子的廣泛調節，以及在人類(lèi)發(fā)育和疾病中的廣泛參與而起到重要作用。

圖 3 通過(guò)比較DNA甲基化、METTL3 TAP ChIP-Seq和meRIP-Seq數據，發(fā)現多個(gè)m6A富集基因的啟動(dòng)子區內CpG島和METTL3富集區域一致，提示RNA的轉錄后修飾可能與其他的表觀(guān)遺傳調控機制存在關(guān)聯(lián)，也提示了meRIP-Seq數據與其他組學(xué)數據進(jìn)行多組學(xué)分析的重要性

參考文獻：Xiao S, Cao S, Huang Q, et al. The RNA N6-methyladenosine modification landscape of human fetal tissues[J]. Nature cell biology, 2019, 21(5): 651-661.