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ATAC-seq
首頁 > 服務(wù)領(lǐng)域 > 精準(zhǔn)醫(yī)學(xué) > 表觀組學(xué)水平 > ATAC-seq技術(shù),高效探索染色質(zhì)開放區(qū)

       ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with High-Throughput Sequencing)是利用高活性轉(zhuǎn)座酶Tn5探究染色質(zhì)可接近性的高通量測序技術(shù)。具體來說就是利用轉(zhuǎn)座酶Tn5來捕獲全基因組范圍內(nèi)開放性染色質(zhì),再通過高通量測序及生物信息學(xué)分析來挖掘相關(guān)基因和順式調(diào)控元件信息,以此探究轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)問題。


應(yīng)用方向:
※繪制開放染色質(zhì)圖譜,了解藥物或疾病條件下的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制;
結(jié)合motif分析,識別參與基因調(diào)控的轉(zhuǎn)錄因子;
識別轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因和功能元件;
結(jié)合核小體預(yù)測分析,明確核小體的定位;

ATAC-seq與RNA-seq、CUT&Tag等多組學(xué)和多技術(shù)聯(lián)合分析,獲取基因表達(dá)與上游調(diào)控元件、轉(zhuǎn)錄因子的關(guān)聯(lián)信息,解析轉(zhuǎn)錄因子靶向調(diào)控變化機(jī)制。


技術(shù)優(yōu)勢
應(yīng)用范圍廣:在全基因組范圍內(nèi)檢測染色質(zhì)的開放狀態(tài);
建庫質(zhì)量高:采用高質(zhì)量進(jìn)口Tn5酶,建庫質(zhì)量有保證;
生信分析全:提供IDR檢查和核小體定位預(yù)測,以及多組學(xué)聯(lián)合分析;

一站式服務(wù):提供樣品處理、ATAC建庫、測序和分析的全套服務(wù)。


送樣建議
新鮮或凍存細(xì)胞系樣本:≥1×106 cell;
新鮮全血樣本:≥5 ml,或凍存PBMC樣本:1×106 cell/ml;

新鮮或凍存動物組織樣本:≥100mg。


技術(shù)流程



實測數(shù)據(jù)


經(jīng)典案例

自然殺傷細(xì)胞中全局細(xì)胞因子信號網(wǎng)絡(luò)的解構(gòu):
      利用信號轉(zhuǎn)導(dǎo)因子和轉(zhuǎn)錄激活蛋白(STAT)的細(xì)胞因子信號轉(zhuǎn)導(dǎo)對于自然殺傷(NK)細(xì)胞的最佳抗病毒反應(yīng)至關(guān)重要。采用了ATAC-seq、RNA-seq和ChIP-seq多組學(xué)方法解構(gòu)和重建NK細(xì)胞中多種細(xì)胞因子信號通路的復(fù)雜互作,發(fā)現(xiàn)促炎細(xì)胞因子和穩(wěn)態(tài)細(xì)胞因子形成協(xié)同軸,共同調(diào)節(jié)整體基因表達(dá)并進(jìn)一步抑制由 I 型干擾素信號傳導(dǎo)誘導(dǎo)的表達(dá),這些細(xì)胞因子通過STAT蛋白和集體信號介導(dǎo)不同的表觀遺傳調(diào)控模式,最佳地概括了全局抗病毒反應(yīng)。



參考文獻(xiàn):Wiedemann G M, Santosa E K, Grassmann S, et al. Deconvoluting global cytokine signaling networks in natural killer cells[J]. Nature immunology, 2021, 22(5): 627-638.


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