mNGS/tNGS再升級(jí):追蹤新冠病毒最新變異!
2023-01-07 閱讀數(shù):3824
截至2023年1月6號(hào),COVID-19已造成全球670萬(wàn)人死亡,6.62億人確診[1],是人類歷史上大規(guī)模流行病之一。
科學(xué)家們以史無(wú)前例的速度研發(fā)疫苗,但病毒變異的速度遠(yuǎn)超我們想象,最早在武漢出現(xiàn)的毒株幾乎消失不見,隨之而來(lái)的是連續(xù)不斷的變異株:alpha、beta、gamma、delta、omicron等等。
當(dāng)前,全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織 (GISAID) 開放平臺(tái)上,新型冠狀病毒總基因序列數(shù)目總計(jì)達(dá)到14,463,569[2],現(xiàn)階段國(guó)內(nèi)流行株為Omicron BA.5.2和BF.7,最近陸續(xù)出現(xiàn)新型毒株BQ.1和XBB,但尚未形成大規(guī)模傳播。
新型冠狀病毒在進(jìn)化過(guò)程中,傳播力和免疫逃逸能力逐漸增加,致病性和毒力逐漸降低,基于新冠病毒當(dāng)前的發(fā)展階段,2022年12月26日,國(guó)家衛(wèi)健委發(fā)布了《關(guān)于印發(fā)對(duì)新型冠狀病毒感染實(shí)施“乙類乙管”總體方案的通知》[3],提出自2023年1月8日起對(duì)新型冠狀病毒感染實(shí)施“乙類乙管”。
華銀康集團(tuán)作為第三方醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)機(jī)構(gòu),始終牢記讓人們的生活更健康的使命,積極響應(yīng)國(guó)家政策號(hào)召,努力提升增值服務(wù)。現(xiàn)已完成新冠分型的研發(fā),1月8日正式上線!
產(chǎn)品升級(jí)點(diǎn)
1
mNGS宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)(RNA)新增新型冠狀病毒鑒定及分型檢測(cè)
可覆蓋5種主要毒株譜系及其亞型檢測(cè):包括Alpha(≥10種亞型)、Beta(≥8種亞型)、Gamma(≥25種亞型)、Delta(≥300種亞型)、Omicron(≥789種亞型),共計(jì)3000+變異株亞型。
檢測(cè)方法:將非人源序列與GISAID數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的毒株進(jìn)行比對(duì),按照nextstrain和pangolin的分型方法進(jìn)行病毒譜系分析并鑒定新冠病毒變異信息。
檢測(cè)閾值:新冠病毒載量越高,分型結(jié)果越準(zhǔn)確。mNGS宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)(RNA)檢出的新冠序列數(shù)大于3000即可分型;部分樣本序列數(shù)大于1000也可分型。
報(bào)告展示:
病原宏轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)報(bào)告
2
四種常規(guī)tNGS產(chǎn)品,全面實(shí)現(xiàn)對(duì)新型冠狀病毒的檢測(cè)
檢測(cè)方法:以新冠病毒參考基因組(NC_045512. 2)為基礎(chǔ)設(shè)計(jì)特異性引物,在設(shè)計(jì)引物時(shí)需避開其它亞型的多態(tài)性位點(diǎn),同時(shí)還需要避免與原有病原體的引物發(fā)生相互作用。新冠病毒通用型引物設(shè)計(jì)完成之后,加入原本tNGS引物體系中,經(jīng)過(guò)重復(fù)性、一致性、檢測(cè)下限等性能確認(rèn),最終實(shí)現(xiàn)對(duì)新冠的檢測(cè)。
報(bào)告展示:
靶向病原微生物檢測(cè)(tNGS)報(bào)告
tNGS產(chǎn)品新冠分型檢測(cè)正在努力研發(fā)中,敬請(qǐng)期待!
本次升級(jí)加量不加價(jià),以期助力新冠病毒的精準(zhǔn)鑒定、分型以及變異追蹤,為人們的健康生活盡一份綿薄之力。
華銀康感染性疾病綜合診斷中心
感染性疾病綜合診斷中心以病原宏基因組測(cè)序(mNGS)、病原體靶向測(cè)序(tNGS)技術(shù)為核心,聯(lián)合常見感染指標(biāo)檢測(cè)、顯微鏡檢、PCR檢測(cè)、質(zhì)譜檢測(cè)、免疫學(xué)檢測(cè)、全自動(dòng)化流水線微生物培養(yǎng)與藥敏鑒定,形成優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)的綜合診斷平臺(tái);依托南方醫(yī)科大學(xué)南方醫(yī)院感染專家顧問(wèn)團(tuán)隊(duì),以臨床患者診療需求為導(dǎo)向,形成特色的臨床診斷路徑,為不同感染癥候群體提供更快、更全、更準(zhǔn)的一站式感染綜合診斷服務(wù)。
[1]COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU).ArcGIS. Johns Hopkins University.
[2]全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織(GISAID) GISAID - gisaid.org
[3]http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202212/e97e4c449d7a475794624b8ea12123c6.shtml