新品推介｜華銀康引進(jìn)BD Rhapsody單細胞轉錄組測序技術(shù)
2023-01-04 閱讀數：2435
成年人全身細胞總數超過(guò)40萬(wàn)億，細胞類(lèi)型至少100種，而傳統轉錄組獲得的是細胞群整體的基因轉錄信息，忽略了組織中不同細胞內基因表達信息，即細胞異質(zhì)性問(wèn)題。
華銀康集團高通量測序檢測中心引進(jìn)BD Rhapsody?單細胞分析平臺，提供從方案設計、測序實(shí)驗和數據分析為一體的一站式單細胞轉錄組高通量測序服務(wù)，支持生物醫學(xué)研究者實(shí)現科研目的和提升科研高度，幫助深入揭示疾病發(fā)生發(fā)展機制，助力開(kāi)發(fā)創(chuàng )新治療靶點(diǎn)。
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技術(shù)介紹
單細胞測序則是將細胞群或者組織塊分離成單個(gè)細胞并分別標記，最終獲取每個(gè)細胞的轉錄本信息。通過(guò)單細胞測序可以幫助研究者從單個(gè)細胞水平上對疾病發(fā)展中免疫應答、腫瘤異質(zhì)性和器官發(fā)育等方面進(jìn)行深入探究。
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應用方向
?? 腫瘤研究
探究腫瘤及免疫微環(huán)境細胞的異質(zhì)性；
探究腫瘤的耐藥機制、篩選腫瘤治療的靶向藥物；
?? 神經(jīng)生物學(xué)
對神經(jīng)進(jìn)行細分，提供細胞間通信相關(guān)信息，為疾病治療提供更多思路；
?? 免疫學(xué)研究
進(jìn)行準確的免疫細胞亞型分類(lèi)，為免疫學(xué)研究和相關(guān)疾病的治療提供依據；
?? 科研方向
揭示基因表達及細胞間通訊對器官或組織發(fā)育的影響；
構建單細胞轉錄組圖譜，研究關(guān)鍵細胞群和基因的致病機理、發(fā)病機制。
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技術(shù)優(yōu)勢
?? 采用特有的蜂窩板微孔捕獲技術(shù)
具有廣范圍細胞通量和高達80%的微孔板捕獲率，而且通過(guò)自然沉降方式捕獲細胞，條件溫和，對細胞損傷極小，有助于捕獲和分析脆弱細胞；
?? 可視化實(shí)驗質(zhì)控流程
可視化細胞解離-細胞標記-細胞捕獲數量全過(guò)程，有效保證實(shí)驗成功率；
?? 實(shí)現多個(gè)樣本的平行標記
提高樣本通路同時(shí)減少雙胞率，天然屏蔽和減少樣本間批次效應；
?? 對細胞的大小要求更為寬容
直徑50μm的微孔體系可友好兼容各種動(dòng)植物絕大多數細胞或原生質(zhì)體粒徑；
?? 實(shí)現同一系統內多組學(xué)整合
實(shí)現同一次實(shí)驗、同一平臺、同一樣本、同一磁珠乃至同一個(gè)細胞的轉錄組、蛋白組和免疫組庫多樣本的多組學(xué)系統；
?? 與流式分析數據高度相關(guān)
通過(guò)聯(lián)合BD流式細胞分析，實(shí)現單細胞所見(jiàn)即所得的高效分析。
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送樣指導
組織樣本以組織保存液或液氮速凍方式保存；
血液樣本量多于3 mL，如用于多組學(xué)研究建議5 mL以上；
細胞樣本量多于3×106；
細胞尺徑范圍在5 μm-50 μm；
細胞活性需大于80% 。
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項目流程
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結果展示
圖1 小鼠脾臟單細胞轉錄組圖譜。約5000個(gè)細胞被裝載到BD Rhapsody?單細胞分析系統工作流，獲得的單細胞轉錄譜數據經(jīng)t-SNE投影后細胞亞群的細胞類(lèi)型被注釋?zhuān)?shù)突狀（DC）、濾泡型B（FO B）和生發(fā)中心B（GC B）等13類(lèi)細胞類(lèi)型。
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應用案例
英文標題：Single‐cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders
發(fā)表期刊：Cell & Bioscience（2021; IF=5.03）
甲狀腺乳頭狀癌（PTC）是甲狀腺癌（TC）的主要病理類(lèi)型，其中性別是影響PTC患者表型的重要因素之一。在本文中，研究者從4名男性PTC患者、7名女性PTC患者和3名結節性甲狀腺腫患者身上獲取組織樣本，通過(guò)基于BD平臺的單細胞RNA測序（scRNA-seq），表征了涉及性別的PTC單細胞轉錄組景觀(guān)。
研究者發(fā)現，在男性和女性PTC患者中，惡性上皮細胞被分成了兩個(gè)不同的細胞亞群，這兩個(gè)亞群表現顯著(zhù)差異的DNA拷貝數變異（CNV）、基因表達譜和細胞分化軌跡。除此之外，成纖維細胞和內皮細胞與惡性上皮細胞的相互作用網(wǎng)絡(luò )、人白細胞抗原（HLA）家族的成員及其受體的表達上調被認為是女性PTC患者的典型特征，而轉化生長(cháng)因子β1（TGFB1）及其受體的表達上調是男性PTC患者的典型特征。上述結果表明，不同性別的PTC患者組織在細胞分群和免疫細胞浸潤特征上存在顯著(zhù)差異，包括細胞分化狀態(tài)和細胞的基因表達譜。
圖2 14例患者經(jīng)BD RhapsodyTM單細胞分析系統工作流所繪制的單細胞轉錄圖譜。
Peng, M., Wei, G., Zhang, Y. et al. Single-cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders. Cell Biosci 11, 39 (2021). https://doi.org/10.1186/s13578-021-00549-w
