腫瘤是原癌基因和抑癌基因等在基因組學(xué)和表觀(guān)遺傳學(xué)上發(fā)生改變和逐步累積基因突變引起的疾病，傳統的治療手段為手術(shù)、化療和放療，近年來(lái)，精準醫學(xué)不斷發(fā)展深化，靶向治療技術(shù)也逐步得到推廣和應用。

靶向治療指的是先對腫瘤癌細胞進(jìn)行基因層面的甄別，找出和正常細胞不同的差異或者變異點(diǎn)，也就是靶點(diǎn)。藥物進(jìn)入體內后，會(huì )尋找并與該靶點(diǎn)相結合，即特異地選擇分子水平上的致癌位點(diǎn)，并與之相結合來(lái)發(fā)生作用，從而使腫瘤細胞特異性死亡，而不會(huì )波及腫瘤周?chē)恼＝M織細胞。進(jìn)行靶向藥治療的腫瘤患者，必須要進(jìn)行腫瘤基因檢測，以找到治療靶點(diǎn)。

目前腫瘤靶向治療的技術(shù)，主要依靠全基因組測序（whole-genome sequencing，簡(jiǎn)稱(chēng)WGS）、全外顯子測序（whole?exome sequencing，簡(jiǎn)稱(chēng)WES)、靶向測序（targeted sequencing或panel sequencing）的技術(shù)，檢測出DNA水平基因序列的變異，從而鎖定基因，對該基因進(jìn)行針對性的治療。然而，通過(guò)現有技術(shù)得到的基因數量以及變異位點(diǎn)比較多，以腦膠質(zhì)瘤為例，根據從TCGA數據庫下載的包括muse、somaticsniper、varscan、mutect在內的多個(gè)分析方法的各90個(gè)腦膠質(zhì)瘤樣品全外顯子測序的結果，與臨床相關(guān)的基因數量分別為9361、8679、9391、9794個(gè)，其變異位點(diǎn)數分別位20934、18123、21105、22758個(gè)。也可根據腫瘤類(lèi)型和患者人種篩查概率最高的基因，例如非小細胞肺癌患者通常檢測EGFR和ALK基因，但是此種方法存在較大的漏篩風(fēng)險，不能保證找到所有靶點(diǎn)供醫生選擇，且一旦開(kāi)始的檢測未發(fā)現問(wèn)題，仍然需要做全基因檢測，成本更高且浪費時(shí)間。

在MeRIP-seq數據分析過(guò)程中，對應的腫瘤樣品的結合峰與對照樣品的結合峰進(jìn)行比較，篩選出所對應的結合峰具有顯著(zhù)差異的基因的數量往往在一千個(gè)以上，潛在靶基因的甄別和篩選上有比較大的難度。因此，如何更進(jìn)一步有效快速的檢測出腫瘤靶向治療的靶點(diǎn)，從技術(shù)層面上提高潛在靶點(diǎn)的篩選速度成為目前亟需解決的問(wèn)題。

為了更全面有效的檢測出腫瘤靶向治療的靶點(diǎn)，本發(fā)明使用MeRIP測序技術(shù)測定mRNA和lncRNA上的m6A甲基化位點(diǎn)，通過(guò)數據處理篩選出相應的基因，基于數據庫的靶標信息及臨床腫瘤相關(guān)基因數據進(jìn)一步篩查，通過(guò)motif識別給出腫瘤治療靶點(diǎn)檢測結果（圖1）。在篩選過(guò)程中，結合相關(guān)性分析、靶標分析及變異數據庫的綜合決策后，可將候選的靶點(diǎn)基因數量篩選范圍縮小到數十個(gè)基因以?xún)?，并結合臨床腫瘤數據庫進(jìn)行驗證（圖2），進(jìn)一步增強了結果的準確性以及全面性。

通過(guò)綜合決策篩選出候選基因以及對應結合峰的mRNA區域的motif的識別，得到基因與結合蛋白的結合序列，將所得結合序列作為腫瘤靶向治療靶點(diǎn)檢測結果。醫生可以將該檢測結果結合病理臨床檢查結果，作為腫瘤靶向治療給藥的重要參考，在病理的基礎上加上分子診斷的結果，從而進(jìn)一步深化我們整合式病理的推廣。與此同時(shí)，該技術(shù)進(jìn)一步提高潛在靶點(diǎn)篩選范圍的全面性以及準確性，為幫助醫生更全面地進(jìn)行患者治療方案制定和規劃，包括靶向藥物匹配、免疫療效預測、分子分型和預后分析、臨床試驗對接、耐藥應對等方面提供重要的參考。

圖1 技術(shù)方案實(shí)施流程圖

圖2 腫瘤靶標數據庫