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發(fā)明專(zhuān)利又獲授權 | 基于MeRIP測序技術(shù)的腫瘤治療靶點(diǎn)檢測方法和系統

2023-01-31 閱讀數:2857



近日,廣州華銀康醫療集團股份有限公司“一種基于MeRIP測序技術(shù)檢測腫瘤治療靶點(diǎn)的方法和系統”獲專(zhuān)利授權,標志著(zhù)華銀康在腫瘤靶向治療靶點(diǎn)檢測方法中利用N6-甲基化轉換酶(N6-methyladenosine)免疫共沉淀高通量測序分析研發(fā)上又有重大突破,為了提高靶向治療靶點(diǎn)檢測的精度,將需要甄別和篩選的靶點(diǎn)基因數量降低至數十個(gè),顯著(zhù)提高潛在靶基因的篩選速度。精準醫療主要的技術(shù)推動(dòng)因素是測序技術(shù)的發(fā)展、生物醫學(xué)分析技術(shù)的突破和大數據技術(shù)的進(jìn)步,而這一專(zhuān)利從測序分析技術(shù)層面上助力華銀康精準醫學(xué)中心的檢驗水平向更高的平臺邁進(jìn),為靶向治療研究提供參考。



腫瘤是原癌基因和抑癌基因等在基因組學(xué)和表觀(guān)遺傳學(xué)上發(fā)生改變和逐步累積基因突變引起的疾病,傳統的治療手段為手術(shù)、化療和放療,近年來(lái),精準醫學(xué)不斷發(fā)展深化,靶向治療技術(shù)也逐步得到推廣和應用。


靶向治療指的是先對腫瘤癌細胞進(jìn)行基因層面的甄別,找出和正常細胞不同的差異或者變異點(diǎn),也就是靶點(diǎn)。藥物進(jìn)入體內后,會(huì )尋找并與該靶點(diǎn)相結合,即特異地選擇分子水平上的致癌位點(diǎn),并與之相結合來(lái)發(fā)生作用,從而使腫瘤細胞特異性死亡,而不會(huì )波及腫瘤周?chē)恼=M織細胞。進(jìn)行靶向藥治療的腫瘤患者,必須要進(jìn)行腫瘤基因檢測,以找到治療靶點(diǎn)。


目前腫瘤靶向治療的技術(shù),主要依靠全基因組測序(whole-genome sequencing,簡(jiǎn)稱(chēng)WGS)、全外顯子測序(whole?exome sequencing,簡(jiǎn)稱(chēng)WES)、靶向測序(targeted sequencing或panel sequencing)的技術(shù),檢測出DNA水平基因序列的變異,從而鎖定基因,對該基因進(jìn)行針對性的治療。然而,通過(guò)現有技術(shù)得到的基因數量以及變異位點(diǎn)比較多,以腦膠質(zhì)瘤為例,根據從TCGA數據庫下載的包括muse、somaticsniper、varscan、mutect在內的多個(gè)分析方法的各90個(gè)腦膠質(zhì)瘤樣品全外顯子測序的結果,與臨床相關(guān)的基因數量分別為9361、8679、9391、9794個(gè),其變異位點(diǎn)數分別位20934、18123、21105、22758個(gè)。也可根據腫瘤類(lèi)型和患者人種篩查概率最高的基因,例如非小細胞肺癌患者通常檢測EGFR和ALK基因,但是此種方法存在較大的漏篩風(fēng)險,不能保證找到所有靶點(diǎn)供醫生選擇,且一旦開(kāi)始的檢測未發(fā)現問(wèn)題,仍然需要做全基因檢測,成本更高且浪費時(shí)間。


在MeRIP-seq數據分析過(guò)程中,對應的腫瘤樣品的結合峰與對照樣品的結合峰進(jìn)行比較,篩選出所對應的結合峰具有顯著(zhù)差異的基因的數量往往在一千個(gè)以上,潛在靶基因的甄別和篩選上有比較大的難度。因此,如何更進(jìn)一步有效快速的檢測出腫瘤靶向治療的靶點(diǎn),從技術(shù)層面上提高潛在靶點(diǎn)的篩選速度成為目前亟需解決的問(wèn)題。


為了更全面有效的檢測出腫瘤靶向治療的靶點(diǎn),本發(fā)明使用MeRIP測序技術(shù)測定mRNA和lncRNA上的m6A甲基化位點(diǎn),通過(guò)數據處理篩選出相應的基因,基于數據庫的靶標信息及臨床腫瘤相關(guān)基因數據進(jìn)一步篩查,通過(guò)motif識別給出腫瘤治療靶點(diǎn)檢測結果(圖1)。在篩選過(guò)程中,結合相關(guān)性分析、靶標分析及變異數據庫的綜合決策后,可將候選的靶點(diǎn)基因數量篩選范圍縮小到數十個(gè)基因以?xún)?,并結合臨床腫瘤數據庫進(jìn)行驗證(圖2),進(jìn)一步增強了結果的準確性以及全面性。


通過(guò)綜合決策篩選出候選基因以及對應結合峰的mRNA區域的motif的識別,得到基因與結合蛋白的結合序列,將所得結合序列作為腫瘤靶向治療靶點(diǎn)檢測結果。醫生可以將該檢測結果結合病理臨床檢查結果,作為腫瘤靶向治療給藥的重要參考,在病理的基礎上加上分子診斷的結果,從而進(jìn)一步深化我們整合式病理的推廣。與此同時(shí),該技術(shù)進(jìn)一步提高潛在靶點(diǎn)篩選范圍的全面性以及準確性,為幫助醫生更全面地進(jìn)行患者治療方案制定和規劃,包括靶向藥物匹配、免疫療效預測、分子分型和預后分析、臨床試驗對接、耐藥應對等方面提供重要的參考。


圖1 技術(shù)方案實(shí)施流程圖


圖2 腫瘤靶標數據庫




華銀康精準醫學(xué)中心


華銀康精準醫學(xué)中心在全國多個(gè)地區均設有可獨立運營(yíng)的分子實(shí)驗室,服務(wù)范圍輻射全國,提供“快、準、好”的檢測服務(wù)。實(shí)時(shí)評估不同層面的分子狀態(tài),為實(shí)體腫瘤早期篩查、精準診斷以及臨床的全病程管理提供超過(guò)300項特色檢測服務(wù),可充分滿(mǎn)足客戶(hù)多樣化的檢測需求。未來(lái),精準醫學(xué)中心將繼續秉承專(zhuān)業(yè)的檢測服務(wù)態(tài)度,結合集團雄厚的病理專(zhuān)科實(shí)力,為實(shí)體腫瘤等重大疾病提供“防、篩、診、治、監”全流程管理的循證醫學(xué)證據,為疾病相關(guān)分子機制研究提供多組學(xué)分子檢測服務(wù),為推動(dòng)我國腫瘤精準醫療的發(fā)展貢獻力量。


高通量測序檢測中心


中心定位于科研服務(wù)與臨床醫學(xué)轉化應用,圍繞基礎科研和臨床檢測兩大板塊,致力于生物醫學(xué)各領(lǐng)域的相關(guān)研究與測序大數據聯(lián)合分析,為各大高校、醫院和科研單位提供醫學(xué)科研項目的方案設計、測序實(shí)驗和數據分析為一體的一站式服務(wù)以及快速精準的臨床檢測服務(wù),以成為業(yè)內領(lǐng)先的高通量測序服務(wù)中心為目標。


目前,我司高通量測序檢測中心擁有Illumina和MGI等高通量測序儀組成的大規模高通量測序服務(wù)平臺,科研服務(wù)可提供涵蓋基因組學(xué)、轉錄組學(xué)(外泌體)、表觀(guān)組學(xué)、單細胞組學(xué)、微生物組學(xué)、免疫組庫、代謝組學(xué)、蛋白組學(xué)和多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析等組學(xué)基礎研究服務(wù)和高級生物信息分析;臨床服務(wù)包括遺傳性腎病基因檢測、血液腫瘤基因檢測、實(shí)體瘤基因檢測、感染性疾病病原體檢測等服務(wù)。



如需了解更多有關(guān)高通量測序相關(guān)信息,歡迎撥打我司高通量全國服務(wù)熱線(xiàn):020-38917402、020-38917464

郵箱:huayinngs@huayinlab.com

官網(wǎng):jm5e.com


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