新品推介｜華銀康引進(jìn)BD Rhapsody單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)
2023-01-04 閱讀數(shù)：2917
成年人全身細(xì)胞總數(shù)超過40萬億，細(xì)胞類型至少100種，而傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組獲得的是細(xì)胞群整體的基因轉(zhuǎn)錄信息，忽略了組織中不同細(xì)胞內(nèi)基因表達(dá)信息，即細(xì)胞異質(zhì)性問題。
華銀康集團(tuán)高通量測序檢測中心引進(jìn)BD Rhapsody?單細(xì)胞分析平臺，提供從方案設(shè)計、測序?qū)嶒灪蛿?shù)據(jù)分析為一體的一站式單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組高通量測序服務(wù)，支持生物醫(yī)學(xué)研究者實現(xiàn)科研目的和提升科研高度，幫助深入揭示疾病發(fā)生發(fā)展機(jī)制，助力開發(fā)創(chuàng)新治療靶點。
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技術(shù)介紹
單細(xì)胞測序則是將細(xì)胞群或者組織塊分離成單個細(xì)胞并分別標(biāo)記，最終獲取每個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄本信息。通過單細(xì)胞測序可以幫助研究者從單個細(xì)胞水平上對疾病發(fā)展中免疫應(yīng)答、腫瘤異質(zhì)性和器官發(fā)育等方面進(jìn)行深入探究。
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應(yīng)用方向
?? 腫瘤研究
探究腫瘤及免疫微環(huán)境細(xì)胞的異質(zhì)性；
探究腫瘤的耐藥機(jī)制、篩選腫瘤治療的靶向藥物；
?? 神經(jīng)生物學(xué)
對神經(jīng)進(jìn)行細(xì)分，提供細(xì)胞間通信相關(guān)信息，為疾病治療提供更多思路；
?? 免疫學(xué)研究
進(jìn)行準(zhǔn)確的免疫細(xì)胞亞型分類，為免疫學(xué)研究和相關(guān)疾病的治療提供依據(jù)；
?? 科研方向
揭示基因表達(dá)及細(xì)胞間通訊對器官或組織發(fā)育的影響；
構(gòu)建單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜，研究關(guān)鍵細(xì)胞群和基因的致病機(jī)理、發(fā)病機(jī)制。
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技術(shù)優(yōu)勢
?? 采用特有的蜂窩板微孔捕獲技術(shù)
具有廣范圍細(xì)胞通量和高達(dá)80%的微孔板捕獲率，而且通過自然沉降方式捕獲細(xì)胞，條件溫和，對細(xì)胞損傷極小，有助于捕獲和分析脆弱細(xì)胞；
?? 可視化實驗質(zhì)控流程
可視化細(xì)胞解離-細(xì)胞標(biāo)記-細(xì)胞捕獲數(shù)量全過程，有效保證實驗成功率；
?? 實現(xiàn)多個樣本的平行標(biāo)記
提高樣本通路同時減少雙胞率，天然屏蔽和減少樣本間批次效應(yīng)；
?? 對細(xì)胞的大小要求更為寬容
直徑50μm的微孔體系可友好兼容各種動植物絕大多數(shù)細(xì)胞或原生質(zhì)體粒徑；
?? 實現(xiàn)同一系統(tǒng)內(nèi)多組學(xué)整合
實現(xiàn)同一次實驗、同一平臺、同一樣本、同一磁珠乃至同一個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組、蛋白組和免疫組庫多樣本的多組學(xué)系統(tǒng)；
?? 與流式分析數(shù)據(jù)高度相關(guān)
通過聯(lián)合BD流式細(xì)胞分析，實現(xiàn)單細(xì)胞所見即所得的高效分析。
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送樣指導(dǎo)
組織樣本以組織保存液或液氮速凍方式保存；
血液樣本量多于3 mL，如用于多組學(xué)研究建議5 mL以上；
細(xì)胞樣本量多于3×106；
細(xì)胞尺徑范圍在5 μm-50 μm；
細(xì)胞活性需大于80% 。
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項目流程
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結(jié)果展示
圖1 小鼠脾臟單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜。約5000個細(xì)胞被裝載到BD Rhapsody?單細(xì)胞分析系統(tǒng)工作流，獲得的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄譜數(shù)據(jù)經(jīng)t-SNE投影后細(xì)胞亞群的細(xì)胞類型被注釋，包括樹突狀（DC）、濾泡型B（FO B）和生發(fā)中心B（GC B）等13類細(xì)胞類型。
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應(yīng)用案例
英文標(biāo)題：Single‐cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders
發(fā)表期刊：Cell & Bioscience（2021; IF=5.03）
甲狀腺乳頭狀癌（PTC）是甲狀腺癌（TC）的主要病理類型，其中性別是影響PTC患者表型的重要因素之一。在本文中，研究者從4名男性PTC患者、7名女性PTC患者和3名結(jié)節(jié)性甲狀腺腫患者身上獲取組織樣本，通過基于BD平臺的單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq），表征了涉及性別的PTC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組景觀。
研究者發(fā)現(xiàn)，在男性和女性PTC患者中，惡性上皮細(xì)胞被分成了兩個不同的細(xì)胞亞群，這兩個亞群表現(xiàn)顯著差異的DNA拷貝數(shù)變異（CNV）、基因表達(dá)譜和細(xì)胞分化軌跡。除此之外，成纖維細(xì)胞和內(nèi)皮細(xì)胞與惡性上皮細(xì)胞的相互作用網(wǎng)絡(luò)、人白細(xì)胞抗原（HLA）家族的成員及其受體的表達(dá)上調(diào)被認(rèn)為是女性PTC患者的典型特征，而轉(zhuǎn)化生長因子β1（TGFB1）及其受體的表達(dá)上調(diào)是男性PTC患者的典型特征。上述結(jié)果表明，不同性別的PTC患者組織在細(xì)胞分群和免疫細(xì)胞浸潤特征上存在顯著差異，包括細(xì)胞分化狀態(tài)和細(xì)胞的基因表達(dá)譜。
圖2 14例患者經(jīng)BD RhapsodyTM單細(xì)胞分析系統(tǒng)工作流所繪制的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄圖譜。
Peng, M., Wei, G., Zhang, Y. et al. Single-cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders. Cell Biosci 11, 39 (2021). https://doi.org/10.1186/s13578-021-00549-w
