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集團(tuán)新聞

新品推介|華銀康引進(jìn)BD Rhapsody單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)

2023-01-04 閱讀數(shù):2917


成年人全身細(xì)胞總數(shù)超過40萬億,細(xì)胞類型至少100種,而傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組獲得的是細(xì)胞群整體的基因轉(zhuǎn)錄信息,忽略了組織中不同細(xì)胞內(nèi)基因表達(dá)信息,即細(xì)胞異質(zhì)性問題。


華銀康集團(tuán)高通量測序檢測中心引進(jìn)BD Rhapsody?單細(xì)胞分析平臺,提供從方案設(shè)計、測序?qū)嶒灪蛿?shù)據(jù)分析為一體的一站式單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組高通量測序服務(wù),支持生物醫(yī)學(xué)研究者實現(xiàn)科研目的和提升科研高度,幫助深入揭示疾病發(fā)生發(fā)展機(jī)制,助力開發(fā)創(chuàng)新治療靶點。


1

技術(shù)介紹

單細(xì)胞測序則是將細(xì)胞群或者組織塊分離成單個細(xì)胞并分別標(biāo)記,最終獲取每個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄本信息。通過單細(xì)胞測序可以幫助研究者從單個細(xì)胞水平上對疾病發(fā)展中免疫應(yīng)答、腫瘤異質(zhì)性和器官發(fā)育等方面進(jìn)行深入探究。


2

應(yīng)用方向

?? 腫瘤研究

探究腫瘤及免疫微環(huán)境細(xì)胞的異質(zhì)性;

探究腫瘤的耐藥機(jī)制、篩選腫瘤治療的靶向藥物;


?? 神經(jīng)生物學(xué)

對神經(jīng)進(jìn)行細(xì)分,提供細(xì)胞間通信相關(guān)信息,為疾病治療提供更多思路;


?? 免疫學(xué)研究

進(jìn)行準(zhǔn)確的免疫細(xì)胞亞型分類,為免疫學(xué)研究和相關(guān)疾病的治療提供依據(jù);


?? 科研方向

揭示基因表達(dá)及細(xì)胞間通訊對器官或組織發(fā)育的影響;

構(gòu)建單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜,研究關(guān)鍵細(xì)胞群和基因的致病機(jī)理、發(fā)病機(jī)制。


3

技術(shù)優(yōu)勢

?? 采用特有的蜂窩板微孔捕獲技術(shù)

具有廣范圍細(xì)胞通量和高達(dá)80%的微孔板捕獲率,而且通過自然沉降方式捕獲細(xì)胞,條件溫和,對細(xì)胞損傷極小,有助于捕獲和分析脆弱細(xì)胞;


?? 可視化實驗質(zhì)控流程

可視化細(xì)胞解離-細(xì)胞標(biāo)記-細(xì)胞捕獲數(shù)量全過程,有效保證實驗成功率;


?? 實現(xiàn)多個樣本的平行標(biāo)記

提高樣本通路同時減少雙胞率,天然屏蔽和減少樣本間批次效應(yīng);


?? 對細(xì)胞的大小要求更為寬容

直徑50μm的微孔體系可友好兼容各種動植物絕大多數(shù)細(xì)胞或原生質(zhì)體粒徑;


?? 實現(xiàn)同一系統(tǒng)內(nèi)多組學(xué)整合

實現(xiàn)同一次實驗、同一平臺、同一樣本、同一磁珠乃至同一個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組、蛋白組和免疫組庫多樣本的多組學(xué)系統(tǒng);


?? 與流式分析數(shù)據(jù)高度相關(guān)

通過聯(lián)合BD流式細(xì)胞分析,實現(xiàn)單細(xì)胞所見即所得的高效分析。


4

送樣指導(dǎo)

組織樣本以組織保存液或液氮速凍方式保存;

血液樣本量多于3 mL,如用于多組學(xué)研究建議5 mL以上;

細(xì)胞樣本量多于3×106

細(xì)胞尺徑范圍在5 μm-50 μm;

細(xì)胞活性需大于80% 。


5

項目流程


6

結(jié)果展示

圖1 小鼠脾臟單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜。約5000個細(xì)胞被裝載到BD Rhapsody?單細(xì)胞分析系統(tǒng)工作流,獲得的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄譜數(shù)據(jù)經(jīng)t-SNE投影后細(xì)胞亞群的細(xì)胞類型被注釋,包括樹突狀(DC)、濾泡型B(FO B)和生發(fā)中心B(GC B)等13類細(xì)胞類型。


7

應(yīng)用案例

英文標(biāo)題:Single‐cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders

發(fā)表期刊:Cell & Bioscience(2021; IF=5.03)


甲狀腺乳頭狀癌(PTC)是甲狀腺癌(TC)的主要病理類型,其中性別是影響PTC患者表型的重要因素之一。在本文中,研究者從4名男性PTC患者、7名女性PTC患者和3名結(jié)節(jié)性甲狀腺腫患者身上獲取組織樣本,通過基于BD平臺的單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq),表征了涉及性別的PTC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組景觀。


研究者發(fā)現(xiàn),在男性和女性PTC患者中,惡性上皮細(xì)胞被分成了兩個不同的細(xì)胞亞群,這兩個亞群表現(xiàn)顯著差異的DNA拷貝數(shù)變異(CNV)、基因表達(dá)譜和細(xì)胞分化軌跡。除此之外,成纖維細(xì)胞和內(nèi)皮細(xì)胞與惡性上皮細(xì)胞的相互作用網(wǎng)絡(luò)、人白細(xì)胞抗原(HLA)家族的成員及其受體的表達(dá)上調(diào)被認(rèn)為是女性PTC患者的典型特征,而轉(zhuǎn)化生長因子β1(TGFB1)及其受體的表達(dá)上調(diào)是男性PTC患者的典型特征。上述結(jié)果表明,不同性別的PTC患者組織在細(xì)胞分群和免疫細(xì)胞浸潤特征上存在顯著差異,包括細(xì)胞分化狀態(tài)和細(xì)胞的基因表達(dá)譜。


圖2 14例患者經(jīng)BD RhapsodyTM單細(xì)胞分析系統(tǒng)工作流所繪制的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄圖譜。


Peng, M., Wei, G., Zhang, Y. et al. Single-cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders. Cell Biosci 11, 39 (2021). https://doi.org/10.1186/s13578-021-00549-w 


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