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  • 單細胞轉錄組測序

     

            單細胞轉錄組測序 單細胞轉錄組測序是指對單個(gè)細胞進(jìn)行轉錄組測序,并對獲得的數據進(jìn)行生物信息學(xué)分析。單細胞轉錄組測序主要用于在全基因組范圍內挖掘基因調節網(wǎng)絡(luò ),尤其適用于存在高度異質(zhì)性的干細胞及胚胎發(fā)育早期的細胞群體。與活細胞成像系統相結合,單細胞轉錄組分析更有助于深入理解細胞分化、細胞重編程及轉分化等過(guò)程及相關(guān)的基因調節網(wǎng)絡(luò )。單細胞轉錄組分析的另一應用領(lǐng)域是發(fā)現亞細胞成分的基因表達譜,例如對在神經(jīng)元的軸突或樹(shù)突部分特異表達的基因分析。 轉錄組測序是利用第二代高通量測序技術(shù)進(jìn)行cDNA測序,能夠全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉錄本序列信息,進(jìn)行疾病與正常樣本間的基因表達差異分析、可變剪切和融合基因分析,尋找與癌癥、遺傳病相關(guān)的致病基因,已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。相對于傳統芯片而言,無(wú)需預先設計特異性探針,具有分辨率高、檢測范圍廣和準確率高的優(yōu)點(diǎn)。 1、實(shí)驗方案 測序策略:Illumina NextSeq 500或 HiSeq 3000 PE150 數據量:推薦8G clean data 2、技術(shù)優(yōu)勢 (1)精準分選:先進(jìn)分離技術(shù),真正的單細胞測序 (2)高靈敏度:領(lǐng)先的微量核酸擴增技術(shù), 全面檢測低至單個(gè)細胞的基因信息 (3)擴增均一:采用SoLo擴增技術(shù),cDNA合成效率高,無(wú)擴增偏好 3、信息分析 3.1 標準信息分析 (1)按標準流程進(jìn)行數據整理及數據質(zhì)量評估; (2)與參考序列比對,計算不同基因的RPKM值; (3)基因的差異表達分析; (4)樣本間基因表達水平的相關(guān)性分析(僅限于有生物重復的樣本) (5)樣本間差異基因韋恩圖及PCA分析 (6)差異基因的表達模式聚類(lèi)分析 (7)差異表達基因GO功能富集分析; (8)差異表達基因Pathway顯著(zhù)富集分析 (9)差異表達基因的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò )分析; (10)條件特異表達; (11)鑒定基因的可變剪切; (12)SNP/InDel 分析; (13)新轉錄本預測及注釋?zhuān)? (14)融合基因分析(僅限于人); 3.2 高級信息分析: (1)基因結構優(yōu)化(只針對真核生物) (2)RNA編輯 (3)差異基因的轉錄因子分析(適用于植物) 4、技術(shù)流程 5、案例分析 案例(1)單細...

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