單細胞轉錄組測序

        單細胞轉錄組測序 單細胞轉錄組測序是指對單個(gè)細胞進(jìn)行轉錄組測序，并對獲得的數據進(jìn)行生物信息學(xué)分析。單細胞轉錄組測序主要用于在全基因組范圍內挖掘基因調節網(wǎng)絡(luò )，尤其適用于存在高度異質(zhì)性的干細胞及胚胎發(fā)育早期的細胞群體。與活細胞成像系統相結合，單細胞轉錄組分析更有助于深入理解細胞分化、細胞重編程及轉分化等過(guò)程及相關(guān)的基因調節網(wǎng)絡(luò )。單細胞轉錄組分析的另一應用領(lǐng)域是發(fā)現亞細胞成分的基因表達譜，例如對在神經(jīng)元的軸突或樹(shù)突部分特異表達的基因分析。 轉錄組測序是利用第二代高通量測序技術(shù)進(jìn)行cDNA測序，能夠全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉錄本序列信息，進(jìn)行疾病與正常樣本間的基因表達差異分析、可變剪切和融合基因分析，尋找與癌癥、遺傳病相關(guān)的致病基因，已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。相對于傳統芯片而言，無(wú)需預先設計特異性探針，具有分辨率高、檢測范圍廣和準確率高的優(yōu)點(diǎn)。 1、實(shí)驗方案 測序策略：Illumina NextSeq 500或 HiSeq 3000 PE150 數據量：推薦8G clean data 2、技術(shù)優(yōu)勢 （1）精準分選：先進(jìn)分離技術(shù)，真正的單細胞測序 （2）高靈敏度：領(lǐng)先的微量核酸擴增技術(shù), 全面檢測低至單個(gè)細胞的基因信息 （3）擴增均一：采用SoLo擴增技術(shù)，cDNA合成效率高，無(wú)擴增偏好 3、信息分析 3.1 標準信息分析 （1）按標準流程進(jìn)行數據整理及數據質(zhì)量評估； （2）與參考序列比對，計算不同基因的RPKM值； （3）基因的差異表達分析； （4）樣本間基因表達水平的相關(guān)性分析（僅限于有生物重復的樣本） （5）樣本間差異基因韋恩圖及PCA分析 （6）差異基因的表達模式聚類(lèi)分析 （7）差異表達基因GO功能富集分析； （8）差異表達基因Pathway顯著(zhù)富集分析 （9）差異表達基因的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò )分析； （10）條件特異表達； （11）鑒定基因的可變剪切； （12）SNP/InDel 分析； （13）新轉錄本預測及注釋?zhuān)? （14）融合基因分析（僅限于人）； 3.2 高級信息分析： （1）基因結構優(yōu)化（只針對真核生物） （2）RNA編輯 （3）差異基因的轉錄因子分析（適用于植物） 4、技術(shù)流程 5、案例分析 案例（1）單細...